齿轮很容易粘上油脂、纸灰、胶等物质，所以要定期清理。对油箱进行清洁，检查油的浓度、杂质，定期更换机油，并且清洗过滤器。
对于轴承、牙片、牙垫等清洁尤其是胶辊两端的轴承，避免油墨、胶凝结后造成轴承转动时受到阻碍。牙片、牙垫要定期的用刷子洗刷干净，直到表面露出网纹。
水斗清洁：将水斗中纸屑、杂质等清除干净，不要是水斗中的杂质溅到其他的部件上，同时仔细检查水斗附近的部件是否有生锈，或者是漏水的现象以及水轴的表面是否干净清洁。
停机时胶辊等部件不要留有油墨，不能使油墨干在上面，发现时应该及时清理，否则油墨结膜会损坏胶辊，如果双面印刷机停止三天不使用，应该将上面的胶辊取下来擦干净放好，从而避免挤压变形。
轨道的清洁：如链条，轨道容易积累纸灰，喷粉，须清理干净以后在添加机油，保持轨道的干净，同时清理轨道上的链条，传输带等。
定期清洁双面印刷机上的各个部件，保持设备整体的干净，同时地面也要保持清洁。